Das Sultanat Yogyakarta ging am 1755 aus dem Reich von Mataram hervor, dessen westliche Hälfte es bildete. Mataram hatte seit dem 16. Jahrhundert über fast ganz Java geherrscht und stand unter einem sogenannten Kaiser von Java. Die Niederländische Ostindien-Kompanie (VOC) erkannte das Sultanat an, behielt sich aber das Recht vor, jeden neuen Sultan zu bestätigen. In den Jahren des Unabhängigkeitskrieges Indonesiens (1945–1949) wurde die Hauptstadt zeitweise nach Yogyakarta verlegt, da Jakarta (damals „Batavia“) von den Niederländern besetzt war. Sultan Hamengkubuwono IX. (1912–1988), der schon während des Unabhängigkeitskrieges als einer der wenigen Feudalherrscher mit der indonesischen Unabhängigkeitsbewegung kooperiert hatte, erklärte sein Reich 1950 zu einem Teil Indonesiens und erhielt dafür die lebenslange Regentschaft. Yogyakarta wurde zu einer Sonderzone erklärt, in der der Sultan automatisch die Funktion des sonst einer indonesischen Provinz vorstehenden Gouverneurs innehat. Das Sultanat Yogyakarta ist damit das einzige noch politisch existente Sultanat in der Republik Indonesien. Seit dem 7. März 1989 herrscht Sultan Hamengkubuwono X. Yogyakarta hat rund 476.000 Einwohner.